En 2016, la Auditoría Superior de la Federación (ASF) llevó a cabo una Auditoría Especial del Gasto Federalizado, en la que se revisó el papel del CONEVAL en la implementación del Sistema de Evaluación del Desempeño en el ámbito de sus atribuciones:
Auditoría Especial del Gasto Federalizado, Informe del Resultado de la Fiscalización Superior de la Cuenta Pública 2015